Personajes ocultos:
Consigue terminar el juego con personajes normales y desbloquearás otros secretos. Cuando lo hayas conseguido, deberás luchar en el modo Versus para que estos personajes se unan al combate. Tendrás que vencerles para hacerlos tuyos.
Giramusaido: Debes tener a Musaido en nivel 3.
Gogandantess/: Supera el juego con Samanosuke Akechi, Kaede, Soldado normal y Maeda Keijirou en el modo Historia.
Jujudormah Pan/: Supera el modo Historia con Jujudormah (ha de tener nivel 3 o más).
Magoichi Salga: Disputa 200 peleas en modo Versus.
Marcellus Modify P: Haz que Marcellus alcance el nivel 2 o superior.
Marcellus Modify S: Haz que Marcellus alcance el nivel 3 o superior.
Miyamoto Musashi/: Supera el modo Historia con Normal Soldier (ha de tener nivel 3 o superior).
Musaido: Haz que Three Eye alcance el nivel 2.
Oda Nobunaga: Supera el modo Historia con los doce personajes normales del juego.
Rockman EXE: Supera el modo Historia con Samanosuke Akechi.
Rockman EXE Grand Style: Haz que Rockman EXE alcance el nivel 2.
Rockman EXE Bug Style: Haz que Rockman EXE alcance el nivel 3 o más..
Rockman Zero: Usa a Rockman EXE para conseguir las 3 piezas Z
Rockman Zero Proto Form: Has de tener a Rockman Zero en nivel 2.
Rockman Zero Ultimato Form: Has de tener a Rockman Zero con nivel 3.
Sasaki Kojirou: Supera el modo Historia con Miyamoto Musashi.
